This program loads a Fasta file and generates a frequency file that
looks just like those that are used by MEME and the MarkovBackground
class in EM.py
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

Modules
		TAMO.seq.Fasta TAMO.MotifTools math os re sys

Functions
		main() permute(depth, letters=['A', 'C', 'G', 'T'], seqs=[''], curdepth=0)