TAMO.util.Poisson
index
/home/David_Gordon/docs/TAMO/util/Poisson.py

Poisson.py
 
Utilities for estimating and computing Poisson distributions.
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

 
Modules
       
sys

 
Functions
       
Poisson(k, lam)
Poisson(k,lam)
Poisson_estimate(obs, _dist)
Poisson_estimate(obs,_dist) -- Compute optimal lambda for input distribution
and return P and the distance between the fit curve and the input distribution.
Poisson_sumtail(k, lam)
Poisson_sumtail(k,lam) -- Sum up the tail (P-value)
acos(...)
acos(x)
 
Return the arc cosine (measured in radians) of x.
asin(...)
asin(x)
 
Return the arc sine (measured in radians) of x.
atan(...)
atan(x)
 
Return the arc tangent (measured in radians) of x.
atan2(...)
atan2(y, x)
 
Return the arc tangent (measured in radians) of y/x.
Unlike atan(y/x), the signs of both x and y are considered.
bestPoisson(_dist, xvals, yvals)
bestPoisson(_dist,xvals,yvals)  -- Given a curve described as a set of (x,y) pairs,
find the value of lambda that provides the best fit Poisson distributon, and return
the distance between the distributions as well.
bestPoissondist(_dist)
bestPoissondist(_dist)  -- Normalize and find the best matching Poisson distribution
ceil(...)
ceil(x)
 
Return the ceiling of x as a float.
This is the smallest integral value >= x.
cos(...)
cos(x)
 
Return the cosine of x (measured in radians).
cosh(...)
cosh(x)
 
Return the hyperbolic cosine of x.
degrees(...)
degrees(x) -> converts angle x from radians to degrees
exp(...)
exp(x)
 
Return e raised to the power of x.
fabs(...)
fabs(x)
 
Return the absolute value of the float x.
floor(...)
floor(x)
 
Return the floor of x as a float.
This is the largest integral value <= x.
fmod(...)
fmod(x,y)
 
Return fmod(x, y), according to platform C.  x % y may differ.
frexp(...)
frexp(x)
 
Return the mantissa and exponent of x, as pair (m, e).
m is a float and e is an int, such that x = m * 2.**e.
If x is 0, m and e are both 0.  Else 0.5 <= abs(m) < 1.0.
hypot(...)
hypot(x,y)
 
Return the Euclidean distance, sqrt(x*x + y*y).
ldexp(...)
ldexp(x, i) -> x * (2**i)
log(...)
log(x[, base]) -> the logarithm of x to the given base.
If the base not specified, returns the natural logarithm (base e) of x.
log10(...)
log10(x) -> the base 10 logarithm of x.
modf(...)
modf(x)
 
Return the fractional and integer parts of x.  Both results carry the sign
of x.  The integer part is returned as a real.
pow(...)
pow(x,y)
 
Return x**y (x to the power of y).
radians(...)
radians(x) -> converts angle x from degrees to radians
sin(...)
sin(x)
 
Return the sine of x (measured in radians).
sinh(...)
sinh(x)
 
Return the hyperbolic sine of x.
sqrt(...)
sqrt(x)
 
Return the square root of x.
tan(...)
tan(x)
 
Return the tangent of x (measured in radians).
tanh(...)
tanh(x)
 
Return the hyperbolic tangent of x.

 
Data
        e = 2.7182818284590451
pi = 3.1415926535897931