MDscan.py -- Interface / Wrapper for MDscan program.
 
Download MEME separately from author's website (see TAMO/paths.py for instructions)
 
This program is executable from the command line, and it runs the MEME with a
set of default parameters.   Type "$TAMO/MD/Meme.py" for options.
 
(There aren't too many options at this point.  This module is most useful for reading
 output from previous MEME runs.)
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

Modules
		copy TAMO.MotifMetrics TAMO math os pickle re string sys tempfile

Classes
		Meme   class Meme     Class for encapsulating (and processing) MEME output     Methods defined here: __init__(self, file='', width='', extra_args='', genome='YEAST', bfile=None)

Functions
		main() random(...) random() -> x in the interval [0, 1).

Data
		ACGT = ['A', 'C', 'G', 'T'] YEAST_BG = {'A': 0.31, 'C': 0.19, 'G': 0.19, 'T': 0.31} one2two = {'K': 'GT', 'M': 'AC', 'R': 'AG', 'S': 'CG', 'W': 'AT', 'Y': 'CT'} revcomp = {' ': 'N', 'A': 'T', 'B': 'N', 'C': 'G', 'D': 'N', 'G': 'C', 'H': 'N', 'K': 'M', 'M': 'K', 'N': 'N', ...} revcompTBL = '\x00\x01\x02\x03\x04\x05\x06\x07\x08\t\n\x0b\x0c\r\x0e\x0f\x10\x11\x12\x13\x14\x15\x16\x17\x18\x19\x1a\x1b\x1c\x1d\x1e\x1f !"#$%&\'()*+,-./...\xcf\xd0\xd1\xd2\xd3\xd4\xd5\xd6\xd7\xd8\xd9\xda\xdb\xdc\xdd\xde\xdf\xe0\xe1\xe2\xe3\xe4\xe5\xe6\xe7\xe8\xe9\xea\xeb\xec\xed\xee\xef\xf0\xf1\xf2\xf3\xf4\xf5\xf6\xf7\xf8\xf9\xfa\xfb\xfc\xfd\xfe\xff' revcomplement_memo = {'A': 'T'} two2one = {'AC': 'M', 'AG': 'R', 'AT': 'W', 'CG': 'S', 'CT': 'Y', 'GT': 'K'}