TAMO.MD.Meme
index
/home/David_Gordon/docs/TAMO/MD/Meme.py

MDscan.py -- Interface / Wrapper for MDscan program.
 
Download MEME separately from author's website (see TAMO/paths.py for instructions)
 
This program is executable from the command line, and it runs the MEME with a
set of default parameters.   Type "$TAMO/MD/Meme.py" for options.
 
(There aren't too many options at this point.  This module is most useful for reading
 output from previous MEME runs.)
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

 
Modules
       
copy
TAMO.MotifMetrics
TAMO
math
os
pickle
re
string
sys
tempfile

 
Classes
       
Meme

 
class Meme
    Class for encapsulating (and processing) MEME output
 
  Methods defined here:
__init__(self, file='', width='', extra_args='', genome='YEAST', bfile=None)

 
Functions
       
main()
random(...)
random() -> x in the interval [0, 1).

 
Data
        ACGT = ['A', 'C', 'G', 'T']
YEAST_BG = {'A': 0.31, 'C': 0.19, 'G': 0.19, 'T': 0.31}
one2two = {'K': 'GT', 'M': 'AC', 'R': 'AG', 'S': 'CG', 'W': 'AT', 'Y': 'CT'}
revcomp = {' ': 'N', 'A': 'T', 'B': 'N', 'C': 'G', 'D': 'N', 'G': 'C', 'H': 'N', 'K': 'M', 'M': 'K', 'N': 'N', ...}
revcompTBL = '\x00\x01\x02\x03\x04\x05\x06\x07\x08\t\n\x0b\x0c\r\x0e\x0f\x10\x11\x12\x13\x14\x15\x16\x17\x18\x19\x1a\x1b\x1c\x1d\x1e\x1f !"#$%&\'()*+,-./...\xcf\xd0\xd1\xd2\xd3\xd4\xd5\xd6\xd7\xd8\xd9\xda\xdb\xdc\xdd\xde\xdf\xe0\xe1\xe2\xe3\xe4\xe5\xe6\xe7\xe8\xe9\xea\xeb\xec\xed\xee\xef\xf0\xf1\xf2\xf3\xf4\xf5\xf6\xf7\xf8\xf9\xfa\xfb\xfc\xfd\xfe\xff'
revcomplement_memo = {'A': 'T'}
two2one = {'AC': 'M', 'AG': 'R', 'AT': 'W', 'CG': 'S', 'CT': 'Y', 'GT': 'K'}