TAMO_EM.py -- An expectation maximization MD program that uses a very similar model as
MEME.  It is constructed to facilitate usage of Motif Objects as seeds for EM, and it
automatically computes several interesting scores (e.g. enrichment score, etc...)
 
Run from the command line.  Type "$TAMO/MD/TAMO_EM.py" for options.

Modules
		TAMO.MD.EM TAMO.seq.Fasta TAMO.MotifTools gc math os re sys time

Functions
		flush(...) flush() -> None.  Flush the internal I/O buffer. info2seeds(N, infofile, probefile, species='YEAST') load(filename) main() parse_priors(seeds) Some of these seed might be pointers into a file print_motif(motif, kmer_count=20, istart=0) print_motifs(motifs, kmer_count=20, istart=0) save_motifs(motifs, filename, kmer_count=20) tamofile2motifs(filename)