#Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
#All Rights Reserved
#
#Author: David Benjamin Gordon

Modules
		TAMO.HT TAMO.MotifMetrics TAMO.MotifTools getopt math os re sys

Classes
		SimilarFilter   class SimilarFilter     Class to use data about similarity between sequences (e.g. predicted PCR products on microarrays) to reduce a list of probes to a quasi-unique set. Not used in the release version of TAMO.     Methods defined here: __init__(self, pcnt=70) filter(self, probelist_orig) Port of removeduplicates.pl Behavior is only almost identical.  The inconsistencies occur in the unusual case that A~B, and B~C but A !~ C.  In the perl code B and C would be preserved, but in this code, only C is, due to differences  in sorting order different list order on input. At 70% id, here are some sample differences:   GAL4 Cu2.fsa:55            | GAL4 Cu2.fsa:54 MCM1 YPD.fsa:110           | MCM1 YPD.fsa:109 RDS1 H2O2.fsa:64           | RDS1 H2O2.fsa:63 RLM1 YPD.fsa:65            | RLM1 YPD.fsa:64 ZAP1 Zn.fsa:43             | ZAP1 Zn.fsa:42 loadsimilarfile(self)

Functions
		getarg(varname) main() parse_opts() usage(txt='')

Data
		BADPROBES = [] GLOBALS = {}