Fast access to human sequence data in fasta format.
 
The human genome doesn't fit in the memory of many computers
in text format.  This interface provides a quick way to extract
arbitrary pieces of sequence from disk.
 
   Usage:
 
from TAMO.Seq.Human import get_seq
 
txt = get_seq('chr1',5678910,5778910)
# -or -
txt = get_seq(1,5678910,5778910)
 
txt = get_seq('chrX',5678910,5778910)
# -or -
txt = get_seq('X',5678910,5778910)
 
#-or-
 
txt = get_seq('chrX:5679010-567890')
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

Modules
		TAMO

Classes
		ChromoFasta   class ChromoFasta     Rapid access into large Human Chromosome Files.  Index positions should be taken directly from BLAST/BLAT output (no +/-1, or pythonish adding 1 to get the last letter.     Methods defined here: __del__(self) __init__(self, chromosome) compute_offset(self, idx)         compute_offset(idx)           Example:  If pos = 246, and linelen = 50,         then linenum = int(246 / 50)  = 4         endpos       = 246 - ( 4* 50) = 46           but each line actually contains a " " at the end,         and the count starts at self.offset, so the seek         position is:                  self.offset + linenum * (self.linelen + 1) + endpos - 1  #Counting from 1 get_range(self, start, end) sniff_info(self)

Functions
		get_seq(chr, start=None, end=None) txt = get_seq('chr1',5678910,5778910) # -or - txt = get_seq(1,5678910,5778910)   txt = get_seq('chrX',5678910,5778910) # -or - txt = get_seq('X',5678910,5778910)   #-or-   txt = get_seq('chrX:5679010-567890')

Data
		CHROMOROOT = '/etc/TAMOdata/HumanSeq/' ChrD = {}