This module uses a variant of the UPGMA algorithm for hierarchical clustering to
organize motifs into groups.  The "A" step (averaging) is performed by avergaing the
probability values in the aligned PSSMs within a cluster.
 
    1) Initialization
    1.1)  Assign each motif to a cluster
    1.2)  Compute Dmat of all clusters
 
    2) Iteration
    2.1)  Find the i and j with the smallest Distance
    2.2)  Create a new cluster (ij) which has n_i + n_j members
    2.3)  "Connect" i and j to (ij) and give each of the branchs D_ij/2 (better distance?)
    2.4)  Compute the distance from (ij) to all other clusters (except i and j)
    2.5)  Delete columns/rows in Dmat corresponding to i and j
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

Modules
		TAMO.util.Arith TAMO.Clustering.MotifCompare TAMO.MotifTools getopt math os random re sys

Functions
		UPGMA(motifs, DFUNC=None) 1) Initialization 1.1)  Assign each motif to a cluster 1.2)  Compute Dmat of all clusters   2) Iteration 2.1)  Find the i and j with the smallest Distance 2.2)  Create a new cluster (ij) which has n_i + n_j members 2.3)  "Connect" i and j to (ij) and give each of the branchs D_ij/2 (better distance?) 2.4)  Compute the distance from (ij) to all other clusters (except i and j) 2.5)  Delete columns/rows in Dmat corresponding to i and j UPGMAstep(motifs, DMAXrange, DFUNC=None) collapse_clusters(A, B, Dmat, _DFUNC=None) extendDmat(Dmat, clusters, SKIPD, _DFUNC=None) find_min_ij(Dmat, SKIPD) flatten_members(M) getarg(varname) main() parse_opts() print_dmat(D, SKIPD={}) print_tree(tree, level=0) set_dfunc(_dfunc, _dmax) set_dfunc(dfunc, dmax)   Set the distance/divergence/difference metric and threshold, and synchronize between this module and MotifCompare   Examples: set_dfunc(MotifCompare.negcommonbitsrange, -8.0) set_dfunc(MotifCompare.diffrange, 0.23) slice_tree(tree, DMAX) usage(txt='') Place information about command-line arguments here

Data
		ACGT = ['A', 'C', 'G', 'T'] DFUNC = None DMAX = 0.20000000000000001 GLOBALS = {} rcmemo = {}