GO.py -- Access and statistis for yeast GO-slim
 
Copyright (2005) Whitehead Institute for Biomedical Research (except as noted below)
All Rights Reserved
 
Author: David Benjamin Gordon

Modules
		TAMO.util.Arith TAMO.DataSources.SGD TAMO math os pickle re sys time

Classes
		Annotation   class Annotation     Data structure to store a GO-slim entry     Methods defined here: __init__(self, go_line=None) __repr__(self)

Functions
		annotation2orfs(anno_or_txt) # List all orfs associated with an annotation annotations(orf) # List annotations for an ORF gene2annotations(gene) # List annotations for a gene geneprobelistmatch(gene, probelist) # Which annotations for a gene are also assocaited with probes bound in the # Yeast6k array (e.g. from a particular experiment) load_GO() orflist2categories(orflist, thresh=0.050000000000000003) Which categories are overrepresented among orflist.  Thresh is applied after Bonferroni correction.   Returns: sorted list of tuples, [(signifance, category), (significance, category), ...] orflist2categories_long(orflist, thresh=0.050000000000000003) Which categories are overrepresented among orflist.  Thresh is applied after Bonferroni correction.   Returns: Sorted list of tuples, [(signifance, category, fracall, fracsub, orflist), ...] orforflistmatch(s_orf, orflist) Which annotations associated with s_orf are significantly overrepresented in orflist? orfs2cats(orflist, thresh=0.050000000000000003) [[Same as orflist2categories]]   Which categories are overrepresented among orflist.  Thresh is applied after Bonferroni correction.   Returns: sorted list of tuples, [(signifance, category), (significance, category), ...] probelist2categories(probelist, thresh=0.050000000000000003) Which categories are overrepresented among probes bound in in a Yeast6k array experiment?

Data
		BAD_CATEGORIES = []